タンパク質濃縮およびサンプルクリーンアップ
ボトムアップ型プロテオミクスにおいて、信頼性と再現性の高い質量分析（MS）結果を得るためには、効果的なタンパク質の濃縮とサンプルクリーンアップが不可欠です。これらのステップでは、塩類、界面活性剤、脂質などの不要な不純物を除去しつつ、目的のタンパク質やペプチドを濃縮することで、検出感度を大きく向上させることができます。
広く使用されている手法のひとつが、Single-Pot, Solid-Phase–enhanced Sample Preparation（SP3®）法です。この手法は、その堅牢性とシンプルな操作性により、プロテオミクス分野における基盤技術のひとつとして広く受け入れられています。プロメガのMagnetic Proteomics Sample Prep（MPSP）キットは、SP3ワークフローの原理を活用し、磁気ビーズベースの高効率なサンプルクリーンアップおよび濃縮ソリューションを提供します。
その他の代表的なサンプル前処理手法には、Protein Aggregation Capture（PAC）法、固相抽出（Solid-Phase Extraction、SPE）、限外ろ過、免疫親和キャプチャ、および共免疫沈降（co-immunoprecipitation、Co-IP）などがあります。特に、SP3に類似した戦略に基づいた最適化された前処理ワークフローは、消化効率の向上、バックグラウンドノイズの低減、プロテオームカバレッジの拡大といった効果をもたらし、高精度なタンパク質の同定および定量解析を実現します。
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タンパク質濃縮およびサンプルクリーンアップとは
質量分析（MS）ベースのプロテオミクス解析を成功に導くためには、堅牢なタンパク質濃縮およびサンプルクリーンアップ戦略が不可欠です。これらの前処理ステップでは、界面活性剤、変性剤、塩類といった干渉物質を除去すると同時に、目的のタンパク質またはペプチドを選択的に濃縮することで、後続の解析における検出感度を向上させる役割を果たします。
沈殿、ろ過、クロマトグラフィーによる精製、アフィニティ濃縮などの一般的な手法は、ボトムアップ型プロテオミクスワークフローを効率化し、消化効率の向上やペプチド回収率の増加に貢献します。これらの前処理を最適化することで、ばらつきを低減し、プロテオームの深度を向上させ、より信頼性の高い生物学的インサイトを導くことが可能になります。
これらの手法の中でも、SP3（Single-Pot, Solid-Phase–enhanced Sample Preparation）法に基づくワークフローは、スケーラビリティと自動化対応の観点から高く評価されています。当社のMPSP (Magnetic Proteomics Sample Prep) kit は、SP3法の原理をさらに発展させ、多様なサンプルタイプやインプット量において安定した性能を発揮するよう最適化された磁気ビーズケミストリーを採用しています。これにより、サンプル調製を簡素化しつつ、高い回収率と再現性を維持することが可能です。
SP3はドイツEMBLの登録商標です。プロメガのMPSPキットはSP3法に基づいて設計されていますが、EMBLとは提携関係にはなく、EMBLの推奨を受けたものではありません。
