Wizard® HMW DNA Extraction Kit
Purify High-Molecular-Weight DNA for Long-Read Sequencing
- Optimized protocol for extracting high-purity HMW DNA
- Reliable performance on long-read systems such as the Oxford Nanopore Technologies® instruments
- Rapid protocol with no hazardous chemicals
Catalog Number:
Size
Catalog Number: A2920
さまざまな種類のサンプルからの高品質な高分子量DNA
シーケンステクノロジーの進歩により、de novoゲノムシーケンス、ゲノムフィニッシング、および構造バリアントの検出が大幅に一般的になりました。特にロングリードシーケンスは、腫瘍学、遺伝病研究、微生物学、農業などの分野の課題に取り組むためのデータを研究者に提供します。ただし、ロングリード技術には、高品質で高分子量のDNAが必要です。十分なサイズ、量、および品質のDNAを取得することは、これまで費用のかかるまたは手間のかかる方法を必要としていたプロセスに重要です。
Wizard®HMW DNA Extraction Kitは、ロングリードシーケンスで強力なパフォーマンスを提供する高分子量（HMW）DNAを分離するために特別に設計されています。このキットは、研究者が最高500kbまでのDNAを高純度で取得して貴重なサンプルを最大限に活用するのに役立ち、全血、植物の葉、組織培養細胞、グラム陽性およびグラム陰性菌などの幅広い種類のサンプルで使用できます。 Wizard®HMW DNA Extraction Kitは、特別な機器を使用せずに約1.5時間で完了するワークフローにより、研究者が通常直面する多くの課題を軽減します。
ロングリードシークエンスでの高分子量 DNA
Wizard®HMW DNA Extraction Kitを使用して、ヒト血液および培養K562哺乳類細胞のサンプルを使用して高分子量DNAを抽出しました。 これらのサンプルは、推奨されるライゲーションベースのライブラリー調製法を使用したシーケンス用に準備され、Oxford NanoporeTechnologies®MinION®機器を使用してシーケンスされました。
| K562 Cultured Cells | Whole Human Blood | |
|---|---|---|
| Longest Read | 422,150bp | 434,461bp |
| N50 | 47,278bp | 54,882bp |
| Percent Reads >100kb | 1.3% | 2.4% |
抽出方法を比較する実行概要データのシーケンスを上に示します。 多数の測定結果から、Wizard®HMWケミストリーは大きなDNA断片を抽出し、優れたシーケンス性能を発揮することが示されています。 N50メトリックは、読み取りの長さを定量化し、それを超えるとデータの半分が導き出され、100 kbを超える読み取りの数は、ゲノムアセンブリの大きな構造的変異または大きなギャップに取り組む研究者に役立ちます。
HMW DNAの収量、純度、サイズ分析
HMW DNAの品質を評価することは、抽出の成功を判断するだけでなく、シーケンス実行の成功を予測するためにも重要です。 多くの場合、高分子量DNAの純度と収量を測定するための従来のツールで十分です。 ただし、フラグメントサイズを評価するための追加の手順では、ロングリードシーケンスパフォーマンスをより正確に予測できます。
収量と純度
| Sample | Input | Average Yield (µg) | Average Purity (A260/A230) | Average Purity (A260/A280) |
|---|---|---|---|---|
| Blood | 300µl | 12.5 | 2.2 | 1.8 |
| E. coli | 300µl overnight culture | 27.3 | 2.1 | 1.9 |
| L. innocua | 300µl overnight culture | 13.5 | 1.9 | 2.0 |
| K562 | 1 × 106 cells | 11.9 | 2.1 | 1.9 |
| Holly | 40mg leaf tissue | 3.4 | 2.1 | 2.2 |
| Spinach | 40mg leaf tissue | 1.7 | 2.2 | 2.1 |
各サンプルタイプに固有のWizard®HMW DNA Extraction Kitプロトコルを使用して、いくつかのサンプルタイプからDNAを抽出しました。 抽出されたDNAは高純度であることがわかりました。これは、ダウンストリームアプリケーションでの成功の基本的な指標です。 蛍光色素ベースのQuantiFluor®dsDNA Systemを使用して収量を測定しました。 得られる収率と純度は、一般的なロングリードシーケンスアプリケーションのニーズを満たすのに十分です。
ゲル解析
いくつかのユニークなサンプルから抽出されたDNAをパルスフィールドゲル電気泳動（PFGE）で分析し、高分子量フラグメントのサイズ分布を概算しました。 すべてのサンプルタイプでHMW DNAが生成されましたが、これは一般に50kb以上と定義されています。 注目すべきは、一部のサンプルで最大500kbのフラグメントがあったことです。
定量的フラグメント分析
| Sample | Percent DNA >50kb (GQN 50kb) | Percent DNA >100kb (GQN 100kb) | Percent DNA >150kb (GQN 150kb) |
|---|---|---|---|
| Blood | 92% | 81% | 48% |
| E. coli (Gram negative) | 91% | 83% | 61% |
| L. innocua (Gram positive) | 65% | 52% | 28% |
| K562 | 86% | 75% | 63% |
| Holly | 62% | 45% | 18% |
| Spinach | 64% | 48% | 22% |
HMW DNAサンプル中のフラグメントのサイズ分布は、Agilent Femto Pulseシステムを使用して定量化されました。 このシステムは、従来のエレクトロフェログラムとして表示できるデータ、またはGQN（ゲノム品質番号）メトリックを使用してレポートできるデータを生成します。 GQNは、任意のフラグメントサイズでレポートでき、指定されたサイズ以上のフラグメントの割合を示します。 このアプローチを使用して、Wizard®HMW DNAキットを使用して抽出したサンプルを分析し、結果を上記の表に報告しました。 データは、困難なサンプルタイプでも、ほとんどの精製DNAは50 kbを超えており、多くの場合、抽出されたDNAの大部分は100 kbを超えていることを示しています。
High Molecular Weight DNA Extraction Application Notes
The Protocol for the Wizard® HMW DNA Extraction Kit contains recommended protocols for specific sample types. We continue to test additional samples and publish the results as short Application Notes containing example protocols and data.
Protocols
Complete Protocol
Specifications
Catalog Number:
選択製品の構成品内容
| Item | Part # | Size | Available Separately |
|---|---|---|---|
HMW Blood Lysis Buffer |
A293A | 1 × 50ml | |
HMW Lysis Buffer A |
A294A | 1 × 25ml | |
|
Protein Precipitation Solution |
A795A | 1 × 25ml | View Product |
|
DNA Rehydration Solution |
A796A | 1 × 50ml | View Product |
|
RNase A Solution |
A797A | 1 × 250μl | View Product |
|
Proteinase K (PK) Solution |
MC500C | 1 × 1ml | View Product |
Related Products
関連製品
ProNex® DNA QC Assay BioRad CFX96™
Evaluate the quality and quantity of gDNA extracted from potentially degraded sources or ccfDNA samples.
NG1004, NG1005
ProNex® DNA QC Assay ABI 7500 7500FAST
Check the gDNA extracted from potentially degraded sources or ccfDNA samples for both quality and quantity.
NG1002, NG1003, NG1001
ProNex® Size-Selective Purification System
Magnetic resin-based purification of dsDNA for NGS, PCR and general molecular biology applications.
NG2001, NG2002, NG2003
