Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit
迅速・簡便・高信頼なccfDNA自動抽出
- サンプル前処理不要・最小限の手作業で、1～4mLの血漿から循環セルフリーDNA（ccfDNA）を簡便に抽出
- 30分以内に高収量のccfDNAを得られる自動化プロトコール
- 極めて低いgDNAコンタミネーションを実現した高品質ccfDNAで、デジタルPCRやNGSなどの高感度増幅アッセイに対応可能
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Catalog Number: AS1590
血漿から高品質ccfDNAを迅速・簡便に自動精製
Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit は、Maxwell® 自動核酸精製装置 と併用して1～4mLの血漿サンプルから循環セルフリーDNA（ccfDNA）を精製するための、シンプルかつ信頼性の高い自動化ソリューションを提供します。本キットで精製されたccfDNAは高品質であり、さまざまな下流アプリケーションやアッセイに適しています。「試薬をセットして開始するだけ」の簡便なワークフローにより、サンプルの前処理や加工は不要で、複雑で時間のかかる手作業プロセスを省略できます。これにより、結果までの時間を大幅に短縮することが可能です。Maxwell®装置の高い信頼性と効率性と組み合わせることで、血漿から高品質なccfDNAを1時間以内に精製することができます。
Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit には、48回分の抽出に対応する試薬が含まれています。Maxwell® RSCは、1～16サンプルの同時処理に対応しており、Maxwell® RSC 48では1～48サンプルまでを一括処理できます。Maxwell® 装置にも、Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit 用のあらかじめプログラムされた精製プロトコールが搭載されており、操作のシンプルさと利便性を最大化します。
簡単・高速、それでいて高品質
Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit は、時間と手間を大幅に削減できる、シンプルで効率的なワークフローを提供します。一般的なccfDNA抽出法とは異なり、本キットではプラズマサンプルの前処理が不要で、ピペッティングや操作ステップも最小限に抑えられています。Maxwell®自動核酸精製装置に搭載された自動化プロトコールを使用すれば、最大48サンプルを30分以内に同時処理することが可能です。
The Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit は、主要他社製のccfDNA抽出キットと比較して、操作ステップが少なく、より迅速かつシンプルなワークフローを実現する 信頼性の高いMaxwell®自動核酸精製装置と組み合わせることで、手作業の時間を短縮できるだけでなく、エラーのリスクを軽減し、結果までの時間を加速することが可能である。
この迅速かつ簡便な手法は、効率的で信頼性の高いccfDNAの精製を可能にし、かつ柔軟に拡張できます。ユーザーフレンドリーなMaxwell®自動核酸精製装置は、セットアップも短時間で完了し、新規ユーザーでも1日以内で習得可能です。このような柔軟性により、Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit とMaxwell®装置は、研究室のニーズの変化にも容易に対応でき、品質・生産性・結果までのスピードのいずれにも妥協することなく運用できます。
ニーズに応じてスケール可能な柔軟なccfDNA血漿抽出
Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit は、1～4mLの血漿サンプルから一貫して高純度かつ高収量のccfDNAを精製することができます。また、さまざまな溶出容量に対応しており、柔軟な運用が可能です。この柔軟性により、サンプルのインプット量が異なる場合でも抽出ワークフローを最適化できるため、下流アプリケーションにおいても常に高いパフォーマンスを維持することができます。
Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kitにおける、さまざまなサンプルインプット量および溶出バッファー量に対する性能評価 血漿は、K2EDTA Vacutainer® devices採血管で採取した全血から分離し、Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit を用いてccfDNAを抽出した。抽出したccfDNAの収量は、蛍光色素定量法（QuantiFluor® ONE dsDNA System［カタログ番号 E4871］）およびqPCR法（ProNex® DNA QC Assay［カタログ番号 NG1002］、75bpターゲット）により評価した。パネルA. 血漿1～4mLの範囲において、ccfDNAの収量はサンプルインプット量に対して直線的にスケールする。抽出したccfDNAは50µlの溶出バッファーで溶出し、溶出体積は重量測定により正確に記録した。データは平均±SD、N=4。パネルB. パネルB： 40µl～80µlの溶出バッファー量において、ccfDNAの収量は安定している。一方、20µl～40µlの溶出バッファーでは、ccfDNA濃度は高くなるものの、総収量は低下する傾向がある。データは平均±SD、N=4。
gDNAの混入を抑えたccfDNAで、アッセイの成功率アップ
Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit で精製されたccfDNAは、他社製品と比較してゲノムDNA（gDNA）のコンタミネーションが非常に少ないという特長があります。この特長は、特に核をもつ血球の安定化を目的として設計されていない採血管（例：K2EDTA Vacutainer®）を用いた血漿サンプルを扱う場合に重要です。こうした条件下では、不要なgDNAがccfDNA抽出物に混入するリスクが高くなるため、精製系の選択が結果に大きく影響します。
Streck BCT血漿サンプルから抽出したccfDNAの収量比較 血漿はStreck BCT採血管で採取した全血から調製し、Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kitまたは市販のccfDNA抽出キット（Q社）を用いて、4mlのプラズマからccfDNAを抽出した。 パネル A. 抽出されたccfDNAの収量は、蛍光色素定量法（QuantiFluor® ONE dsDNA System［カタログ番号 E4871］）およびqPCR法（ProNex® DNA QC Assay［カタログ番号 NG1002］、75bpターゲット）により評価した。ccfDNAは50μlの溶出バッファーで溶出し、溶出体積は重量測定により正確に記録した。データは平均±SD、N＝4。パネル B. 精製されたccfDNA溶出液のDNA断片サイズは、Agilent TapeStation Cell-free DNA ScreenTape Assayを用いて評価した。各群の代表例を示すエレクトロフェログラムを示す。Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit は、蛍光色素定量法およびqPCRによる評価において、市販のキットと同等またはそれ以上の収量を示した。
K2EDTA 血漿サンプルから抽出したccfDNAの収量比較 血漿はK2EDTA Vacutainer® 採血管で採取した全血から調製し、4mlのプラズマを用いてMaxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit または市販のccfDNA抽出キット（Q社）でccfDNAを抽出した。 パネル A. 出されたccfDNAの収量は、蛍光色素定量法（QuantiFluor® ONE dsDNA System［カタログ番号 E4871］）およびqPCR法（ProNex® DNA QC Assay［カタログ番号 NG1002］、75bpターゲット）により評価した。抽出後のccfDNAは、50μlの溶出バッファーで溶出し、溶出体積は重量測定により正確に記録した。データは平均±SD、N＝4。 パネル B. 精製されたccfDNA溶出液のDNA断片サイズは、Agilent TapeStation Cell-free DNA ScreenTape Assayを用いて評価した。各群の代表例を示すエレクトロフェログラムを示す。市販キットを用いて抽出したccfDNAの溶出液には、ゲノムDNAの混入（矢印）が顕著に見られた。Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit は、蛍光色素定量法で評価した場合、市販キットと同等またはそれ以上の収量を示した。市販キットによるqPCR評価ではccfDNAの収量が高く見えるものの、これは断片解析の結果から明らかな高分子DNAピークに示されるように、gDNAの共抽出の影響と考えられる。一方、Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit で抽出されたccfDNAでは、高分子DNAの混入が明らかに少なく、蛍光色素定量法およびqPCRで測定された収量は、主に望ましい小型断片のccfDNAを反映していると考えられる。
ccfDNAの純度が高いことは、デジタルPCRや次世代シーケンス（NGS）などの高感度な下流アプリケーションにおいて、信頼性の高い結果を得るために不可欠です。Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kitを使用すれば、ccfDNAの品質不足や収量不足によって高コストのアッセイをやり直すリスクを最小限に抑えながら、各ステップを安心して進めることができます。
Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit のデジタルPCRにおける性能評価 血漿は、Streck BCT（Streck BCT）および K2EDTA Vacutainer® （K2EDTA）採血管で採取した全血から調製し、4mlの血漿を用いて Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit によりccfDNAを抽出した。得られたccfDNA溶出液は、QX ONE ddPCR CNV assay（Bio-Rad）で処理した。各サンプルの繰り返し測定における蛍光振幅ドロップレットプロットを示す。
MultiQC: 複数のツールおよびサンプルの解析結果を1つのレポートに集約したサマリー Philip Ewels, Måns Magnusson, Sverker Lundin and Max Käller Bioinformatics (2016) doi: 10.1093/bioinformatics/btw354. PMID: 27312411.
Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit の次世代シーケンシング（NGS）での性能評価 血漿は、Streck BCT（Streck）および K2EDTA Vacutainer®（K2EDTA）採血管で採取した全血から調製し、4mlのプラズマを用いて、Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit（Maxwell）または市販のccfDNA抽出キット（Q社）を使用してccfDNAを抽出した。抽出されたccfDNA溶出液は、xGen cfDNA & FFPE DNA Library Prep Kit（Integrated DNA Technologies）を用いてライブラリー調製を行った。シーケンスは、NovaSeq X Plus system（Illumina）を使用し、2 × 150 ペアエンド構成・共有レーンで実施し、1ライブラリーあたり140～170Mリードを取得し、各サンプルから70Mリードをサブサンプリングした。すべてのサンプルでライブラリー作製に成功し、Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kit と市販キットの間で同等のシーケンス性能が得られた。パネル A Maxwell® RSC Rapid ccfDNA Kitおよび市販キットを用いてStreck BCTサンプルから抽出したccfDNAのGCカバレッジレポートの代表例。 パネル B. パネルAで示した同一のStreck BCTサンプルにおけるシーケンスメトリクスの比較。
プロトコル
Complete Protocol
製品仕様
Catalog Number:
選択製品の構成品内容
| Item | Part # | Size | Available Separately |
|---|---|---|---|
Maxwell® RSC Cartridge (RSCS) |
AS158A | 48 × 1 each | |
RSC Plungers |
AS1670 | 1 × 48/pack | View Product |
Elution Tubes (0.5ml) |
AS620A | 1 × 50/pk | View Product |
Elution Buffer (RCFD) |
MC159A | 1 × 20ml | |
Proteinase K (PK2) Solution |
MC160A | 1 × 1ml |
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