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ProNex DNA QC Assay BioRad CFX96

Part Numbers: NG1004, NG1005

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劣化したサンプルからのgDNAの品質と量の評価

  • ヒト特異的マルチプレックスプローブベースのqPCRアッセイ（ポジティブコントロール付）
  • 75bp, 150bpおよび300bpのヒトゲノムDNA配列を検出
  • サンプルの増幅能を評価し、ダウンストリームアッセイの成功を予測

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選択製品のカタログ番号: NG1004

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ProNex DNA QC Assay BioRad CFX96
200 reactions
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単一の反応でサンプルの定性と定量

ProNex® DNA QC Assayはホルマリン固定組織切片（FFPE）や他の劣化している可能性のあるDNA試料からgDNAの品質と量を評価します。ヒト特異的で、マルチプレックスプローブベースのqPCRアッセイであり、血漿サンプル中の高分子ゲノムDNAに対するセルフリーDNAの比率を評価するのにも用いることができます。マルチプレックスアッセイは、75bp, 150bpおよび300bpのヒトゲノムDNA配列を検出し、PCR阻害剤存在可で起こりうる偽陽性の結果に対して試験するための内部ポジティブコントロールを含んでいます。

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簡単なピペット操作、迅速なビーズ応答

ProNex® ビーズ (左)はAMPure® XP ビーズ (右)よりも明らかに低い粘性であり、ピペッティングを正確に行うことがより簡単で、サイズ選択の再現性と回収率を向上させます。

定量と品質管理特性の比較

全ての品質管理アッセイが同じではありません。ProNex® DNA QC Assayだけが、最少のサンプルを使用するだけで、必要なすべての情報が得られます。

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劣化サンプルに対するダウンストリーム予測の価値

FFPE DNAにつきもののバラツキのため、DNA量を知ること自体でダウンストリームアッセイが成功するかどうかを確実に予測することはできません。ProNex® DNA QC Assayは、サンプル中の増幅可能なDNA量を測定することが出来ます。ProNex® DNA QC Assayは、NGSやデジタルPCRなどの技術を用いるダウンストリーム解析に対してサンプルが適しているかどうかを評価するために使用できます。

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4つの異なる組織タイプ（胸、肺、大腸および直腸）からの年齢や固定時間の異なる4つFFPEがん組織サンプルが、3つの精製方法で精製され合計31サンプルが抽出されました。各DNAサンプルは、単一ターゲットqPCRアッセイを用いて定量され10ngのインプット量でSwift Biosciences Accel-Amplicon 56G Oncology NGSパネルに供されました。シークエンシングの後、サンプルはProNex® DNA QC Assayで遡って処理され、劣化比率(75/300bp定量比率)が計算されました。劣化比率の高いサンプルは明らかにシークエンシングの低いカバレージ均一性との相関が見られ、DNA QC Assayを使用することでダウンストリーム性能の予測を可能にします。

ゲノムDNAの混入に対するccfDNAサンプルの評価

ccfDNAに混入するゲノムDNAは低レベルの変異を隠してしまう場合があります。ProNex® DNA QC assayはccfDNAに混入するgDNAを測定するのに使用でき、サンプルの品質がダウンストリームのプロセスに適しているかどうか評価することができます。

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ccfDNAは血清サンプルから抽出された。DNAはProNex® DNA QC assayで定量され、75:300bp濃度比が測定された。低い比率（１に近い）はgDNAの混入を示し、一方10以上の比率は極めてクリーンなccfDNAを示している。“Contaminated”ははサンプルがクリーンアップ無しに抽出されたことを示している。“Clean”サンプルはProNex® Size-selective purification systemで処理され、両サイドのサイズ選択が行われ300-400bpより大きなgDNAが除去されている。75:300bp比率の向上はgDNA除去の結果である。

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ProNex® DNA QC Assayによりもたらされる75:300bp比の相関を検証するために、図に示されるサンプルはAgilent 2200 TapeStation Systemで分析された。クリーンなサンプルのトレース（青緑色）はProNex® DNA QC Assayで高い比率を示し、一方汚染されたサンプルのトレース（赤茶色）は低い比率と合致している。

ProNex® DNA QC Assay Analysis Softwareをご使用ください。

ProNex® DNA QC Assay Analysis SoftwareはProNex® DNA QC Assay Kitsで得られるqPCRデータを処理します。このソフトウェアには計算ソフトと以下の項目に対する値を定義するセクションが含まれています：

・標準曲線（許容できる相関係数及びスロープ値）

・サンプル量（標準曲線により）

・サンプルの品質（阻害、コンタミネーション、または劣化）

 

ProNex® DNA QC Assay Analysis SoftwareはApplied Biosystems® 7500, 7500FAST,またはQuantStudio™ 6 systems, および the BioRad CFX96 Touch™ systemから結果をインポートできます。

 

Download Analysis Software
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プロトコール

Complete Protocol

製品仕様

You are viewing: NG1004 Change Configuration

選択製品の構成品内容

Item Part # Size Concentration Available Separately

ProNex® DNA QC Dilution Buffer

 NG101A 2 × 1.5ml

2X ProNex® DNA QC Master Mix

 NG121A 2 × 1.1ml

20X ProNex® DNA QC Primer-Probe-IPC Mix, BioRad CFX96™

 NG151A 1 × 220μl

ProNex® DNA QC gDNA Standard

 NG302A 1 × 150μl 50ng/μl

Nuclease-Free Water

 P119A 2 × 1,250μl View Product

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分析証明書

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使用制限

For Research Use Only. Not for Use in Diagnostic Procedures.

保存条件

BB

パテントおよび免責条項

Dye compounds in this product are sold under license from Biosearch Technologies, Inc., and protected by U.S. and worldwide patents either issued or in application. The license does not include rights for human IVD use.

製品仕様

You are viewing: NG1005 Change Configuration

選択製品の構成品内容

Item Part # Size Concentration Available Separately

ProNex® DNA QC Dilution Buffer

 NG101A 8 × 1.5ml

2X ProNex® DNA QC Master Mix

 NG121A 8 × 1.1ml

20X ProNex® DNA QC Primer-Probe-IPC Mix, BioRad CFX96™

 NG151A 4 × 220μl

ProNex® DNA QC gDNA Standard

 NG302A 4 × 150μl 50ng/μl

Nuclease-Free Water

 P119A 8 × 1,250μl View Product

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分析証明書

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使用制限

For Research Use Only. Not for Use in Diagnostic Procedures.

保存条件

BB

パテントおよび免責条項

Dye compounds in this product are sold under license from Biosearch Technologies, Inc., and protected by U.S. and worldwide patents either issued or in application. The license does not include rights for human IVD use.

技術資料

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