サンガーシーケンシング
Spectrum Compact キャピラリー電気泳動（CE）システムは、サンガーシーケンシングおよびフラグメント解析用に設計された卓上型装置です。Spectrum Compact は、NGS の塩基コールの検証や、形質転換細胞におけるゲノム編集の成功確認、さらに CRISPR-Cas9 技術を用いた編集イベントのスクリーニング（セカンダリークローンの評価）において、効率的な解析手法を提供します。
このシステムは、蛍光標識ジデオキシヌクレオチド三リン酸（ddNTPs）を用いた既存のシーケンシング試薬系や、プロメガの 4色、5色、6色 STRキット、その他市販されている各種キットとの使用を想定して設計されています。
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サンガーシーケンシングとは
ダイターミネーターシーケンシングでは、DNA プライマーが配列決定対象のテンプレートにアニーリングされ、DNA ポリメラーゼによって伸長されます。このとき、dNTP プールには、標識されていない A、C、G、T のデオキシヌクレオチドに加えて、蛍光色素で標識されたジデオキシヌクレオチド（ddNTP）が低濃度で含まれています。伸長反応中に ddNTP が取り込まれると、3'水酸基が存在しないため、それ以降の伸長が停止します。このとき生成される断片には、末端の塩基に応じた蛍光色素が付加されます。反応が完了すると、あらゆる塩基位置で終端したさまざまな長さの断片が揃い、それぞれの末端に特定の色素がラベリングされている状態になります。未反応のヌクレオチド、蛍光色素、プライマーなどを除去した後、サンプルはキャピラリー電気泳動（CE）によりサイズ別に分離されます。
得られた生データ（エレクトロフェログラム）は、Basecaller ソフトウェアによって塩基配列として読み取られます。このソフトウェアは、使用しているシーケンシング試薬特有の移動度補正を適用し、蛍光色素の違いによる断片の移動速度の差を補正します。
Spectrum Compact CE システムは、このようにして生成された DNA 断片を効率的に分離・解析するための装置です。
